同一ファイルを探すツールなので…なので（ ＾ω＾）・・・
ファイルサイズが違う時点で対象外なので、本機能に実装してないので、オプションキー検索を使うようにします。
(※おまけでつけた機能なのでほとんどデバッグしていません。大小など左のキーが優先されます。優先順位の関係でチェックが逆になる場合があります)
■ 同一名で、サイズが小さいものを自動選択する
0.最初のページで[名前一致]検索を行う
１、[Name](名前)検索を選択(おまじない)
(なくても動くと思いますがソート順がおかしくなって変わっている場合があるので)
２、[Size](サイズ)検索を選択(他は[None]にしてください)
３、小さいサイズを選択するので、[Lower]
４、キー検索のチェックボタンを押す。
そんな感じです。
キャッシュなどは同一名があると[~1]とかファイル名を変更している場合があるので対応できたら便利かも（ ＾ω＾）・・・
—-追記
削るだけなら Flexible Renamer v8.4 で、できるそうです。
Flexible Renamer v8.4
http://hp.vector.co.jp/authors/VA014830/FlexRena/
